纳闽原属汶莱王国，自1846年英国通过《纳闽条约》从汶莱苏丹手中正式取得主权并于1848年设为英属皇家殖民地与自由港。二战期间遭日本占领，1945年于 Surrender Point 接受投降。国阵成立后，1963年归入沙巴州。1984年4月16日，纳闽被划为联邦直辖区，并于1990年成为国际离岸金融中心。